2017年版藥品目錄由凡例、西藥、中成藥和中藥飲片四部分組成。凡例是對藥品目錄的編排格式、名稱劑型規范、限定支付范圍等內容的解釋和說明，西藥部分包括了化學藥和生物制品，中成藥部分包括了中成藥和民族藥，中藥飲片部分采用排除法規定了基金不予支付費用的飲片。
西藥、中成藥部分共收載藥品2535個，較2009年版目錄新增339個，增幅約15%。其中西藥1297個，中成藥1238個，甲類藥品西藥增加53個品種，中成約增加了38個品種。中藥飲片部分未作調整，仍沿用2009年版藥品目錄的規定。
為落實《國家職業病防治規劃》和《關于印發加強農民工塵肺病防治工作的意見的通知》，目錄制定中對工傷保險用藥予以特殊考慮：一方面充分考慮了職業病等特殊疾病的用藥需求，新增了治療塵肺病的漢防己甲素等藥品；另一方面藥品目錄中A型肉毒毒素注射劑等5種藥品的“備注”一欄標為“限工傷保險”，這些藥品僅限于工傷保險基金支付，而不屬于基本醫保基金的支付范圍，也就是說工傷保險的用藥范圍要超過基本醫療保險的用藥范圍。