兩者的區別：如果從工作上來說，對賬單包括期末時點的銀行存款核對的金額，也包括到上個對賬時點的銀行流水，由財務人員根據賬務核算明細，逐筆進行鉤挑，最終與銀行對賬單核對一致。若果一致，就在對賬單上確認一下，反饋給銀行。不對就查明原因，采取措施。

銀行對賬單一般審計時候只側重于期末余額，卻忽略了發生額，銀行流水可以詳細查到每一筆銀行存款的發生額。其實核對銀行流水對審計工作有很大好處的，通過核對可以發現企業有無出借銀行賬戶、收入不入賬、挪用資金等情形的。