區別在于：

1、設定的目的不同：

創業板又叫做二板市場，是解決創業型企業、中小型企業及高科技產業企業等需要進行融資和發展而設立；而新三板是為全國中小型科技型公司提供一條融資之路。

2、上市要求不同：

創業板雖然是注冊制，但上市要求比新三板嚴格；而新三板只要符合相應層級的條件，就能掛牌到對應的層級。

3、上市交易所不同：

創業板在深圳證券交易所；新三板未來會在北京證券交易所。

4、開通權限不同：

交易滬深主板的股票沒有資金要求、科創板和創業板需要分別滿足20個交易日日均資產50萬、10萬的資金要求以及兩年的交易經驗。

而新三板分為基礎層、創新層：開通權限前10個交易日需要分別滿足日均資產：200萬、100萬的資金要求，以及2年的交易經驗。

新三板精選層的股票已經改革到北交所上市，開通門檻為20個交易日，日均資產50萬和2年的交易經驗。

5、漲跌幅限制不同：

創業板前五個交易日不設置漲跌幅限制；而新三板在股轉系統中目前：上市首日沒有限漲跌幅限制，從次日起：新精選層、創新層、基礎層漲跌幅限制分別為30%、50%、100%；未來新三板在北交所掛牌后，上市首日不設置漲跌幅限制，次日起實施30%漲跌幅限制。